Lommabukten har en salthalt på 8- 10 promille och räknas som ett brackvattenområde. Det är en miljö som är svår att leva i för många havslevande djur. Brackvatten kallas vatten som är sötare än saltvatten men ändå saltare än sötvatten. Tillsammans med framför allt Stora Bält utgör Öresund Östersjöns förbindelse med Västerhavet, här flödar sötare vatten norrut på ytan och det tyngre salta vattnet flödar söderut in i Östersjön. I Öresund och i Stora Bält möts de två vattenmassorna och det sker en omblandning. Annars är salt och sött vatten separerat vid språngskiktet som i Öresund ligger på ca 10-20 metersdjup. Det inflödande saltvattnet transporteras till djupområdena under ett tydligt avgränsat skikt mellan tungt saltvatten och lättare brackvatten, den sk haloklinen eller salthaltsprångskiktet på 60- 80 mdjup i Östersjöområdet.

Sjöstjärnor har svårt för att finna sig till rätta i södra Öresund.
Det bräckta vattnet ställer krav på sina invånare. Östersjön är med geologiska mått mätt ett ganska ungt hav, endast ca 10 000 år gammalt. Därför har det bara hunnit utvecklas några få endemiska arter, det vill säga arter som är unika för Östersjön. Här finns dock flera arter som balanserar på gränsen mellan sött och salt. De som lever här är antingen marina former eller sötvattensformer som hjälpligt anpassat sig till brackvattensmiljön men lever mer eller mindre under stress i ett ekologiskt marginalområde. Sjöstjärnor exempelvis trivs inte i Lommabukten men återfinns i det saltare vattnet i norra Öresund. Sjöstjärnan lever som en frisimmande larv under sitt första levnadsår. Bilden visar en vanlig sjöstjärna, en art som på grund av att den inte kan reglera vattenbalansen (osmoreglering) inte finns i Lommabukten.
Lommabuktens flexibla djur
Blåmusslor från Östersjön är ofta mindre i storleken än blåmusslor från Öresund och Skagerack. De flesta arter i Österjöns är utsatta för saltstress eftersom de lever i vad de uppfattar som antingen för salt eller för sött vatten. Fisk som är saltvattensanpassade får arbeta med att klara av en lägre salthalt i den yttre miljön och sötvattensanpassade arter får kämpa med att reglera den högre salthalten. Mindre energi kan därför läggas på egen tillväxt och flera av Östersjöns arter är därför mindre än i ett rent saltvattenhav som Skagerack. En annan faktor som gynnar arterna på västkusten och i Öresund är att vattnet innehåller mer syre. Sundets bottentopografi och övergödning är orsaker till att Öresund men framförallt Östersjön är mindre syresatt än Västerhavet (Öresund, Kattegatt, och Skagerack).

Blåmusslan i Österjön blir ofta inte större än 3 cm medan i Atlanten kan den bli 10-15 cm lång. I vårt sund ligger den någonstans där emellan.
Den sötsalta torsken
- Just i Östersjön har torsken en särskilt viktig roll som predator. Inte många arter kan leva i bräckt vatten, så det finns ingen annan rovfisk som tar över torskens nisch när bestånden minskar, säger Max Cardinale, forskare på Fiskeriverkets havsfiskelab (källa: Fiskeriverket, web 2010-02-25). De grunda bottnarna, som i Lommabukten, är sundets barnkammare och ett tryggt födosöksområde för flera mindre fiskar och fiskarter. Här finns torsk, rödspätta, skrubbskädda, gädda, rocka med flera där var och en har sin nisch.

En rad olika fiskar håller igång systemet. Den svåra brackvattenmiljön är känslig för störningar endast ett fåtal arter klara denna tuffa miljö.