Ett nytt avgiftssystem trädde i kraft under 2007. Ett av målen med avgiftssystemet är att företaget som kontrolleras i större grad än tidigare ska bära kostnaden för kontrollen. Alla livsmedelsföretag betalar en årlig avgift för den offentliga kontrollen. Storleken på kontrollavgiften baseras på den kontrolltid som företagets verksamhet kräver. I den offentliga tillsynen ingår förutom själva inspektionen även förarbete och efterarbete som krävs av förvaltningen.
Alla företag riskklassificeras
Kontrolltiden som man betalar för bygger både på riskerna med hanteringen, omfattningen och den erfarenhet vi får av hur verksamheten sköts. Riskklassningen bygger på en modell framtagen av Livsmedelsverket där vissa förbestämda typer av verksamheter ger olika riskpoäng. Beroende på verksamhetens omfattning och om känsliga grupper serveras (barn under fem år, äldre, allergiker) hamnar verksamheterna i en av fem olika riskklasser. Riskklassningen och en erfarenhetsmodul där inspektionsresultat ligger till grund för bedömningen avgör vilken den årliga kontrolltiden ska bli. Om företaget under året visar sig ha en bra egenkontroll, god hantering av maten och få avvikelser vid inspektionen så kan antalet kontrolltimmar sänkas till nästa år. Om företaget däremot sköter sig dåligt kan antalet kontrolltimmar komma att fördubblas till nästa år.
Registrering
Vid registrering av livsmedelsföretag tas en avgift ut för handläggandet.
Årlig kontrollavgift
Den årliga avgiften ska betalas av den som bedriver livsmedelsverksamheten den 1 januari för det år som avgiften gäller
Avgift för extra kontroll
Extra kontroller som måste göras på grund av brister i verksamheten, debiteras extra efter en fastställd timtaxa. Det gäller även uppföljande provtagning.